Естественно-научная коллекция - это более 30 чучел животных и птиц, характерных для территории южного Подмосковья. Среди них есть также редкие виды и виды, находящиеся в Красной книге России и Московской области.

Коллекция техники - это более 420 предметов, среди которых часы, телевизоры, радиоприемники, транзисторы, зарядные устройства,  проигрыватели, машинки швейные, пишущие и другие предметы.

Минералогическая коллекция музея насчитывает 10 предметов горных пород и минералов.

Печатная продукция составляет более 1700 предметов из фондов Ступинского музея. Среди этих предметов книги, топографические карты, атласы, ноты, календари, художественные и иные альбомы, открытки почтовые и художественные, марки, спичечные этикетки. 

Фотографии и негативы в коллекции музея составляют около 2500 экземпляров. Это изображения городских видов, персональные и мемориальные фотографии, фотографии общественных организаций и учреждений города Ступино. 

Документы составляют немалую часть коллекции Ступинского музея, а именно более 2200 предметов. Среди них документы из архива усадьбы «Отрада» в с. Семеновское конца XVIII – начала XX века, документы колхозников СССР, первостроителей города Ступино, ветеранов Великой Отечественной войны, в том числе благодарности, почетные грамоты, фронтовые письма и открытки, документы о строительстве города, о производственной и административной деятельности учреждений города и района, о почетных гражданах города, альбомы с документальными источниками.

Прочие предметы – это более 240 предметов, а именно фрагменты оружия и боеприпасов времен Великой Отечественной войны, фрагменты самолетов времен войны, грампластинки, записи на видеокассетах и другие предметы.

Коллекция предметов прикладного искусства, быта и этнографии насчитывает около 2500 экземпляров. В составе коллекции орудия труда крестьян, предметы крестьянского быта и городского сословия России конца XIX – начала XX веков, предметы быта из имения графов Орловых в усадьбе "Отрада" в с. Семеновское, фарфор и фаянс конца XIX – XX веков, керосиновые лампы конца XIX – начала XX веков, мебель  XIX века – 50-х годов XX века, рояли конца XIX – начала XX века. Кроме того, в коллекции сувениры, игрушки, самовары, столовые приборы, изразцы, печные заслонки, предметы одежды, в том числе народной, а также предметы воинского снаряжения времен ВОВ.

Коллекция оружия - это 4 предмета в фонде музея, а именно шашки кавалерийские и перчатка немецкая металлическая.

Предметов скульптуры в фондах Ступинского музея - более 100 предметов. Это бюсты Героев Социалистического труда, Героев Советского Союза, полных кавалеров ордена Славы, а также предметы малой пластики, среди которых бюсты вождей СССР и статуэтки производства СССР.